A COMTROL atende desde políticas nacionais até convenções internacionais de meio ambiente específicas que regulam as atividades portuárias a fim de prevenir a poluição causada por navios no mundo, e participa de programas ambientais como o PABG - Plano de Área da Baía de Guanabara, que é um plano multiempresarial de combate, contenção e recolhimento da poluição provocada por vazamentos de óleos na Baía de Guanabara.

A COMTROL conta com empresas terceirizadas para atuar contigencialmente em casos de emergência. Além disso, possui seguro para acidentes ambientais e de responsabilidade civil.